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云服务器配置应用之如何安装bioconda

很多小伙伴购买云服务器之后不知道该如何配置服务器,今天给大家介绍一下云服务器配置应用之如何安装bioconda:

安装bioconda

#1下载bioconda
Wget https: Repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86 64sh
#2安装
S H miniconda3-latest-linux-x8664.sh
source ~/.bashrc
#3添加软件源
CONDA config -- add channel
Conda configuration - Add channels
#安装mamba
conda install -y mamba

配置sequenceserver

在线blast的应用有很多,wwwblast、viroBLAST,这里我们选择sequenceserver,http://www.sequenceserver.com。

#1 安装podman
yum install -y podman
#2 安装sequenceserver
podman pull docker.io/wurmlab/sequenceserver
#3 打开端口
firewall-cmd --add-port=4567/tcp --zone=public --permanent
firewall-cmd --reload
#4 安装blast
mamba install -y blast
#5 建库
mkdir database
#这里面拿一个数据作为测试ncov.fasta,可以放多个数据库
makeblastdb-in-ncov.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ncov.fasta
#6 运行sequenceserver
podman run -d -p 4567:4567-restart = always-v ~/Database:/db docker.io/wurmlab/sequenceserver

以上是关于“云服务器配置应用之如何安装bioconda ”的介绍,如需购买云服务器,推荐使用九零云,独享IP,弹性灵活各种配置任您选配,最低只需要43/月,免费帮助配置环境,挂载磁盘等,协助处理简单问题,同时提供快速0元备案,让您快速运营,详情请咨询九零云。

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