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如何利用conda管理R包

现在R包的功能越来越强大,已经不单纯是几个R自定义函数就能构成一个包了。目前很多R包集成许多C和python的代码,因此需要自行编译,哪有会出现各种环境问题。今天介绍一下使用bioconda如何配置R包:

利用bioconda安装R与R包
1、配置R源

#查看当前配置哪些源
$ conda config --show channels
#添加R源
$ conda config --add channels r

2、安装R

#查看系统当前R版本
$ which R
/usr/bin/R
#利用conda搜索R
$ conda search r-base
Loading channels: done
# Name Version Build Channel
r-base 3.1.2 0 pkgs/r
conda-forge
r-base 3.6.3 h7ed4ef7_0 conda-forge
r-base 3.6.3 h7ed4ef7_1 conda-forge
r-base 4.0.0 hdca8982_2 conda-forge
r-base 4.0.0 hdca8982_3 conda-forge
#安装R语言
$conda-c CONDA forging-y R-base = 4.0.0
#再次搜索默认R
$ which R
~/miniconda3/bin/R

3、安装R包

#搜索deseq2包$ conda search deseq2
Loading channels: done
No match found: DESEQ2.Search: * deseq2*
# Name Version Build Channel
bioconductor-deseq2 1.8.2 r3.2.2_0 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_0 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_1 bioconda
1.10.1 R3.2.20 bioconda
#安装deseq2包
$CONDA installation - y biological conductor - deseq2

注意事项
1、bioconda最好升级到最新版本
Conda update -n base -c Default value
2、R的名字为r-base
3.在bioconda中使用时,R包的名称需要加上前缀“R-”

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